Το Πρόγραμμα Σπουδών συγκροτείται από τις ακόλουθες τέσσερις βασικές συνιστώσες:
1. Τα μεταπτυχιακά μαθήματα,
2. Τα θέματα σχεδιασμού,
3. Το διεπιστημονικό σεμινάριο, και
4. Τη μεταπτυχιακή εργασία.
Τα μεταπτυχιακά μαθήματα χωρίζονται σε υποχρεωτικά μαθήματα και μαθήματα επιλογής. Ο φοιτητής σε συνεργασία με τον επιβλέποντα επιλέγει τα απαιτούμενα μαθήματα ανά εξάμηνο. Τα δύο υποχρεωτικά μαθήματα (Διαχείριση Μνημείων 1 και Διαχείριση Μνημείων 2) προσφέρονται στο χειμερινό και στο εαρινό εξάμηνο του πρώτου έτους σπουδών αντίστοιχα, ενώ τα μαθήματα επιλογής αντιστοιχούν σε Θεματικές Ενότητες, ως εξής:
Α. Αρχαιολογία, θεωρητικές προσεγγίσεις στον υλικό πολιτισμό.
Β. Αρχιτεκτονική, αρχιτεκτονική ανάδειξη, διαχείριση χώρων και μνημείων.
Γ. Ψηφιακή πολιτισμική διαχείριση και νέες τεχνολογίες.
Τα θέματα Σχεδιασμού αποτελούν τη δεύτερη συνιστώσα του ΠΜΣ. Μέσα από αυτά ο μεταπτυχιακός σπουδαστής διδάσκεται και δοκιμάζει τις γνώσεις και τις ικανότητές του σε συγκεκριμένα προβλήματα σχεδιασμού, τα οποία συνδυάζουν την προβληματική της πολεοδομικής ανάπτυξης και της αρχαιολογικής διαχείρισης μνημείων. Η θεματολογία ορίζεται κάθε φορά από τους αντίστοιχους διδάσκοντες και είναι συναφής με τους στόχους του ΠΜΣ.
Κάθε σπουδαστής πρέπει να συμμετάσχει σε δύο Θέματα. Το πρώτο εντάσσεται στο πρόγραμμα του τρίτου εξαμήνου σπουδών, το δεύτερο οργανώνεται κατά το τέταρτο εξάμηνο σπουδών.
Στα Θέματα Σχεδιασμού είναι δυνατόν να συμμετέχουν και καθηγητές και φοιτητές από άλλα συνεργαζόμενα Ιδρύματα του εσωτερικού ή εξωτερικού. Αντίστοιχα μπορεί ο φοιτητής του ΠΜΣ να συμμετάσχει σε εντατικό θέμα σχεδιασμού στο εξωτερικό σε συνεργαζόμενο Ίδρυμα.
Στο Διεπιστημονικό Σεμινάριο προσφέρεται σε τέσσερα εξάμηνα. Στο Σεμινάριο παρουσιάζονται επίκαιροι επιστημονικοί / ερευνητικοί προβληματισμοί σχετικά με την Αρχαιολογία και τα μνημεία, την Αρχιτεκτονική και την Πολεοδομία, την Πολιτισμική τεχνολογία, καθώς και τη συνεργασία των κλάδων αυτών στον σχεδιασμό του δομημένου περιβάλλοντος. Το Σεμινάριο αποσκοπεί ιδιαίτερα στην προώθηση του ακαδημαϊκού διαλόγου μέσα από διαλέξεις και επιστημονικές ημερίδες που θα δημιουργούν τις προϋποθέσεις για την ένταξη και συμμετοχή των μεταπτυχιακών φοιτητών /τριών στην ακαδημαϊκή κοινότητα.
Η Μεταπτυχιακή εργασία αποτελεί το επιστέγασμα των μεταπτυχιακών σπουδών του φοιτητή και την απόδειξη των γνώσεων και δεξιοτήτων που αποκόμισε από το ΠΜΣ. Η ΜΕ μπορεί να είναι ερευνητική ή σχεδιαστική. Η μεταπτυχιακή εργασία αναλαμβάνεται στο τρίτο εξάμηνο κατά το οποίο γίνεται ο αρχικός σχεδιασμός και υποβάλλεται προσχέδιο, το οποίο παρουσιάζεται προφορικά και ολοκληρώνεται στο τέταρτο εξάμηνο σπουδών με την υποβολή του γραπτού κειμένου.
Κατά το 2022-23, το ΔΠΜΣ ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΜΝΗΜΕΙΩΝ πιστοποιήθηκε και αξιολογήθηκε εσωτερικά από την Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας του ΕΚΠΑ, σύμφωνα με τις οδηγίες της Εθνικής Αρχής Ανώτατης Εκπαίδευσης. Μεταξύ των θετικών ευρημάτων της Επιτροπής συγκαταλέγονται η Ικανοποιητική διοικητική υποστήριξη στο Πρόγραμμα, το Υψηλό ποσοστό έγκαιρης ολοκλήρωσης σπουδών, η Επιστημονική κατάρτιση, αξιόλογη ερευνητική παρουσία και ποιοτική διδακτική προσφορά των μελών ΔΕΠ που διδάσκουν στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα, η Δυνατότητα συμμετοχής φοιτητών σε προγράμματα Erasmus (εισερχόμενοι και εξερχόμενοι), η Συμμετοχή σε δραστηριότητες της συνεργασίας ευρωπαϊκών πανεπιστημίων CIVIS, και ο Υψηλός αριθμός αιτήσεων σε σχέση με τις προσφερόμενες θέσεις, καθώς και ο Ικανοποιητικός αριθμός παρεχόμενων διαλέξεων.